权利人受损是最基本的标准，但实际上权利人往往很难证明自己的确切损失。以侵权获利计算时，由于商业秘密毕竟不同于专利或者商标等法定的审定公示性的知识产权，特别是在经营秘密侵权时，被告获利中有多少是因侵权行为产生的，几乎无法量化计算。参照许可费的方法一般在技术秘密侵权案件中且在有过许可时方可适用，但在没有许可时就无法适用，在经营秘密侵权案件中一般也难以适用。
从司法实践来看，商业秘密侵权案件很多时候是适用酌定赔偿的方法。对于具体定额幅度，最高人民法院1998年吴县会议的纪要提出在5000～30万元之间掌握，著作权法以及全国民事审判工作会议提出在50万元以下掌握。依此，商业秘密侵权案件一般也可以掌握在5000--50万元，以不突50万元为宜。侵权人的主观过错、侵权持续的时间、范围、后果、市场份额及社会影响、权利人因侵权所受的商破誉和精神损害以及侵权人的认错态度、补救措施等，均可以作为酌定因素。在以上这种方法的适用顺序上，应当优先考虑权利人受损和侵权人获利这两种计算方法，并可以赋予权利人选择权。只有在损失和获利都不能查明，也无正常使用费可作为参照时，法院才可以基于当事人要求赔偿的诉讼请求，选择适用定额赔偿的方法。
商业秘密侵权还涉及到善意第三人的责任。所谓善意第三人，是指不知且也不应当知道其受让的商业秘密系让与人违法获得或违约让与的人。对于善意第三人应否承担责任，承担何种责任，各国均有不同的规定。在我国相关商业秘密法律法规中对此问题未作明确规定，只有最高人民法院《关于审理科技纠纷案件的若干问题的规定》和原《技术合同法实施条例》中对技术秘密中的善意第三人的责任作了规定，即“侵害非专利技术成果使用权、转让权的技术合同被确认无效后，提供技术的一方应当对侵权行为承担责任。善意接受该项非专利技术成果的一方，可以继续实施该项技术，但应当向权利人支付合理的使用费。”和“侵害他人非专利技术使用权和转让权的合同被宣布无效后，取得非专利技术的受让方可以继续使用该项技术，但应向权利人支付合理的使用费。”但随着《合同法》的出台，该《实施条例》已告失效。《合同法》相关条款规定：“受让人按照约定实施专利、使用技术秘密侵害他人合法权宜的，由让与人承担责任，但当事人另有约定的除外。”但该条款的规定比较笼统，未就受让人是否系善意作一区分，该条往往被理解为是对合同双方之间内部责任的分配。
受让人实施所转让的专利、技术秘密侵害他人合法专利、商业秘密的，常常仍负连带赔偿责任，如果被责令停止侵权，受让人还必须停止有关生产和销售行为。因此，仍有必要对商业秘密案件中的善意第三人的责任作一明确。综观世界各国的商业秘密法，虽然规定各有不同，但均对善意第三人的责任作出明确界定。根据民法善意取得理论，结合商业秘密自身的特点，应当承认商业秘密案件中存在善意取得制度，但是否善意，应以受让人受让时的主观状态，而不应以实施时或收到权利人书面侵权通知时作为认定标准，在善意第三人的责任承担上也应注意作以下区分：
1．受让人(包括支付对价或无偿)对其知道或应当知道受让的系侵权秘密(如权利人通知)之前的使用或披露不承担责任；
2．在受让人知道或应当知道受让的系侵权秘密之前，依赖该信息实质性改变了自身状态的，如受让人对厂房和设备进行了实质性投资、清结了其他业务以便在该商业秘密基础上开展新业务等，受让人不承担责任，且有权继续使用该秘密，但应当向权利人支付合理的使用费，并负有保密义务；
3．权利人在其商业秘密被侵害2年内，且在受让人没有实质性改变自身状态的情况下，可以行使恢复请求权，但应支付受让人取得该秘密的对价，如果受让人已为实施该秘密作了必要的准备(非实质性改变自身状态)，权利人还应对此部分作出补偿。
4．受让人系无偿获得商业秘密的，也未依赖该信息实质性改变了自身状态，对其知道或应当知道受让的系侵权秘密后使用或披露该秘密的，应承担侵权责任。
对于在合法受让商业秘密的基础上进行再研发的，应当准许。对后续秘密的权属，有约定的从约定，没有约定的，权属为研发人，但使用研发的秘密必须获得原商业秘密权利人的许可。